Imperial Agents sú rozmanitou skupinou jednotiek slúžiacich Impériu mimo bežné štruktúry Astra Militarum alebo Adeptus Astartes. Patrí sem Inkvizítori, Assassini, Navigátori, Deathwatch a ďalší špecialisti, ktorí zasahujú tam, kde je potrebná absolútna lojalita, diskrétnosť a smrteľná efektivita.

Každý agent je vysoko trénovaný, vybavený unikátnou výzbrojou a oprávnený konať v mene Cisára. Inkvizítori majú právomoc vyhladiť celé svety, Assassini ako Vindicare, Callidus či Culexus likvidujú kľúčové ciele s chirurgickou presnosťou. Deathwatch bojuje proti xenos hrozbám, zatiaľ čo Navigátori vedú lode cez Warp.

Imperial Agents nie sú armádou v klasickom zmysle – sú elitnými jednotkami, ktoré je možné pridať k iným frakciám Impéria. Ich prítomnosť na bojisku je vzácna, ale rozhodujúca. V novej edícii majú vlastný Combat Patrol, Codex a detachmenty ako Veiled Blade či Elimination Force.