Alpha Legion byli XX. legií Legiones Astartes, vedenou Alphariem a Omegonem – dvojicí primarchů, jejichž identita je zahalena tajemstvím. Jejich motto “My jsme Alpharius” vystihuje jejich filozofii: dezinformace, infiltrace a psychologická válka.

Na rozdíl od ostatních legií Alpha Legion neoperovala z jednoho domovského světa, ale z tajných základen po celé galaxii. Během Horovy Hereze se přidali ke zrádcům, ale jejich skutečné motivace zůstávají nejasné – možná chtěli zachránit lidstvo skrze zkázu Impéria.

V systému Horus Heresy mají Alpha Legion pravidla jako Lies and Obfuscation, díky kterému jsou jejich jednotky považovány za o 2″ dál pro účely střelby, nabíjení a reakcí. To jim umožňuje vyhýbat se palbě a komplikovat toky nepřátel. Jejich jednotky zahrnují Headhunters, Lernaean Terminators, Saboteurs a hrdiny jako Exodus, Armillus Dynat nebo Alpharius samotný.