Imperial Agents jsou rozmanitou skupinou jednotek, které slouží Impériu mimo běžné struktury Astra Militarum či Adeptus Astartes. Patří sem Inkvizitoři, Assassini, Navigátoři, Deathwatch a další specialisté, kteří zasahují tam, kde je potřeba absolutní loajalita, diskrétnost a smrtící efektivita.

Každý agent je vysoce trénovaný, vybavený unikátní výzbrojí a <strongoprávněný jednat jménem Císaře. Inkvizitoři mají pravomoc vyhladit celé světy, Assassini jako Vindicare, Callidus či Culexus likvidují klíčové cíle s chirurgickou přesností. Deathwatch bojuje proti xenos hrozbám, zatímco Navigátoři vedou lodě skrz warp.

Imperial Agents nejsou armádou v klasickém smyslu – jsou elitními jednotkami, které lze přidat k jiným frakcím Impéria. Jejich přítomnost na bojišti je vzácná, ale rozhodující. V nové edici mají vlastní Combat Patrol, Codex a detachmenty jako Veiled Blade či Elimination Force.